Фамилия Нитушка — редкая, с прозрачной, но неоднозначной основой. В ней отчетливо слышится суффикс -ушк(а), который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно такой суффикс придает слову уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок, а в фамилиях он мог закрепиться за прозвищем, данным по внешности, характеру или поведению.

Проще всего предположить, что в основе лежит личное имя Нит или Нита — краткая форма от канонических Никита или Анисим. Тогда Нитушка — это ласковое производное: «Никитушка» или «Анисимушка». Однако в говорах слово «нитушка» могло иметь и самостоятельное значение. В некоторых северных и сибирских диалектах «нитушкой» называли плаксу, нюню, человека, который постоянно «нитукает» — то есть ноет, жалуется, говорит «ниту» (нету). В этом случае фамилия — прозвище по характеру, данное либо в насмешку, либо как бытовое описание.

Не стоит сбрасывать со счетов и польско-белорусский след. В этих языках «нитушка» могло быть фонетическим вариантом фамилии от корня «нит-» (нить) — например, прозвища ткача или портного. Но для русского уха такое толкование менее вероятно, потому что суффикс -ушк- в профессиональных прозвищах почти не встречается; ремесленников обычно называли по орудию труда (Ниткин, Нитников).

В документах фамилия Нитушка встречается редко и локально — в основном в западных областях России и в Сибири, куда переселенцы принесли северные говоры. Это подтверждает версию о диалектном происхождении. Сословной привязки нет: Нитушки могли быть и крестьянами, и мещанами. Фамилия недворянская, не образована от названия владения, а значит, её носители — потомки людей, получивших уличное прозвище, которое со временем закрепилось за родом.