Фамилия Нивъебененко сразу привлекает внимание необычным корнем — «нивъебен». В русском языке нет ни слова, ни корня с таким сочетанием букв, что делает её уникальной в ономастике. Скорее всего, перед нами не исконно славянская фамилия, а искусственное или заимствованное образование, возникшее в результате ошибки, шутки или намеренного искажения.

Самый вероятный путь происхождения — от фамилии Нивъебенко, которая, в свою очередь, могла быть образована от украинского прозвища «Нив'єба» (нив'єба — «ни в чём не виноватый», диалектное или просторечное). В этом случае суффикс -енко (украинский, указывающий на потомка) присоединился к основе «Нивъеб-», а буква «ъ» (твёрдый знак) могла появиться при письменной фиксации фамилии в документах XIX — начала XX века, когда твёрдый знак ставили после согласных на конце слов. Так, Нивъебененко — это потомок человека по прозвищу Нивъеба, то есть «невиновный», «без вины виноватый» или, в ироничном смысле, «хитрец, который всегда выходит сухим из воды».

Менее вероятно, но нельзя исключать, что фамилия — результат описки или намеренного каламбура в советское время, когда люди могли менять фамилии, чтобы избежать неблагозвучия. В таком случае исходная фамилия могла быть, скажем, Нивъебенко или Нивъебененко, а «ъ» и повтор «ен» — способ сделать её более запоминающейся или «благородной» на слух.

Географически фамилия почти не встречается: она не зафиксирована в массовых списках переписей или телефонных справочниках. Это говорит о том, что она либо крайне редкая (единичные носители), либо существует в основном в устной традиции или в интернет-пространстве как псевдоним.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Нивин, Нивов, Нивъев) показывает, что корень «нив-» в русских фамилиях обычно связан со словом «нива» (поле). Но в случае Нивъебененко связь с «нивой» отсутствует: слово «нивъебен» не имеет к полеводству никакого отношения.

Таким образом, Нивъебененко — скорее всего, поздняя, возможно, шуточная или ошибочная фамилия, образованная от прозвища, связанного с отрицанием вины. Её носители, если они существуют, — люди с необычной фамильной историей, которую, скорее всего, придётся реконструировать по семейным преданиям, а не по архивам.