Фамилия Нияко — редкая и нестандартная для русского слуха. Её происхождение почти наверняка не связано со славянской традицией именования, где фамилии образовывались от имени или прозвища с помощью суффиксов -ов, -ин или -ский. Здесь мы видим финаль -ко, которая в восточнославянских языках (украинском, белорусском) часто указывает на уменьшительную или принадлежностную форму (например, Шевченко, Коваленко). Однако основа «Ния» в этой модели не встречается: в украинском языке нет корня «нія», который давал бы прозвище или имя.

Правдоподобнее всего, что фамилия Нияко — это русифицированная запись грузинской или мегрельской фамилии. В грузинском языке распространены фамилии на -иа, -ия, -ава, -дзе. Форма «Ния» могла быть исходной (например, Ния — краткое от Нияз или грузинского имени Нино), а окончание -ко появилось при адаптации в русской среде, как это часто бывало: грузинские фамилии на -ия (Гулия, Данелия) в документах иногда записывали с добавлением -ко, особенно если носитель оказывался на Кубани или в других регионах с украинским влиянием.

Версия о происхождении от тюркского имени Нияз (через форму Ниязко, где -ко — уменьшительный суффикс) менее вероятна: в тюркских языках такие модели нехарактерны, и фамилии на -ко почти всегда указывают на украинскую или белорусскую почву. Но если предположить, что предок был татарином или башкиром, а фамилию записали в русской канцелярии, то возможен и такой путь — хотя он остаётся гипотетическим.

Географически фамилия Нияко встречается единично, в основном на юге России и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает «кавказский» след. Суффикс -ко здесь не столько грамматический, сколько исторический: он показывает, что фамилию оформляли в русскоязычной среде, приспосабливая чужое имя к привычной модели. Сословной привязки у неё нет — это мог быть и крестьянин, и дворянин, но скорее всего, предок был переселенцем или казаком, служившим на Кавказе.