Фамилия Нижикова — женская форма, а её мужской вариант — Нижиков. На первый взгляд она кажется прозрачной: корень «ниж-» сразу наводит на мысль о чём-то низком, нижнем. Но разбираться стоит не спеша, потому что здесь возможны два совершенно разных пути образования.

Самый прямой вариант — отчество от прозвища или мирского имени Нижик. В русских говорах «нижик» могли называть невысокого человека, коротышку. Суффикс -ик в таких прозвищах — уменьшительный или характеризующий: кто низкий, тот и Нижик. Тогда Нижиков — буквально «сын Нижика», то есть потомок низкорослого предка. Такая модель типична для русских фамилий на -ов/-ев, образованных от прозвищ на согласный.

Второй вариант — географический. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Нижнее, Нижний, Нижино. Переселенец из такого места получал прозвище Нижик или Нижиков — по названию родной деревни. Особенно вероятно это для южнорусских и украинских земель, где топонимов с корнем «ниж-» множество. Суффикс -ик в этом случае указывает на жителя: «нижик» — тот, кто из Нижнего.

Стоит упомянуть и редкую, но возможную связь с диалектным словом «нижать» — нанизывать. В некоторых говорах «нижик» могло быть прозвищем мастера, занимающегося нанизыванием (бисера, грибов, рыбы). Однако эта версия менее убедительна из-за слабой распространённости такого значения.

Фамилия Нижикова не относится к числу частых. Встречается она в основном в центральных и южных областях России, а также на востоке Украины. Сословной привязки нет: Нижиковыми могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки — фамилия не указывает на знатное происхождение. Интересно, что ударение в ней плавающее: одни носители ставят его на первый слог (Ни́жиков), другие на второй (Нижи́ков). Второй вариант ближе к исходному прозвищу с суффиксом -ик.