Фамилия Низилькаев — редкая и, на первый взгляд, неочевидная по происхождению. Если разобрать её по составу, сразу бросается в глаза нестандартный суффикс -каев. В русской ономастике он почти не встречается, зато характерен для тюркских фамилий, особенно татарских и башкирских. Суффикс -каев (вариант -каев/-гаев) обычно восходит к основе на -кай, которая в тюркских языках могла быть ласкательной или уменьшительной формой имени. То есть Низилькаев — это «сын (или потомок) Низилькая».

Основа «Низиль» — самое интересное. Скорее всего, это искажённое или диалектное звучание арабского имени Назиль (Назиль), которое в переводе означает «ниспосланный», «посланный» (от корня «низýль» — снисхождение, послание). В тюркской среде это имя могло трансформироваться: под влиянием местных говоров гласный «а» перешёл в «и», и получилось Низиль. Имя Назиль (или Назил) встречается у татар, башкир и других народов, исповедующих ислам, поэтому версия о мусульманском корне фамилии — самая правдоподобная.

Вторая, менее вероятная гипотеза — связь с русским словом «низина» (низкое место). Но суффикс -каев для русских фамилий нетипичен, а переход от «низина» к «Низилькаев» фонетически натянут. Поэтому тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону, где традиционно сильны татарские и башкирские роды. Встречается она крайне редко, что говорит либо о локальном бытовании в одном селе или деревне, либо о том, что фамилия возникла поздно и не успела распространиться. По сословной принадлежности предки Низилькаевых, скорее всего, были крестьянами или мещанами — в дворянских родословных книгах такая фамилия не зафиксирована.

Таким образом, Низилькаев — это «сын Низилькая», где Низилькай — ласковая форма от имени Назиль, означающего «посланный свыше». Фамилия хранит память о мусульманском имени предка и о тех краях, где это имя звучало по-своему, по-местному.