Фамилия Низинцева — женская форма фамилии Низинцев. Её основа — слово «низина», то есть низкое место, низина. Казалось бы, всё прозрачно, но тут есть важный нюанс: фамилия образована не напрямую от «низина», а через прозвище или имя Низинец. Суффикс -ец в таких фамилиях указывает на принадлежность к местности или группе: Низинец — человек, живший в низине, выходец из низины. Потом к этой основе добавили стандартный русский патронимический суффикс -ев (Низинцев), а в женском роде — окончание -а.

Иначе говоря, предок носительницы фамилии мог получить прозвище Низинец не за низкий рост и не за скромное положение, а по месту жительства: жил в низине, в низинном месте, в овраге, у реки, где земля ниже. В условиях равнинной России такое прозвище было конкретным и привязывало человека к ландшафту. Встречаются фамилии Низин, Низинин, Низинский — все они однокоренные, но Низинцев стоит особняком из-за суффикса -ец, который реже встречается в массовых фамилиях.

По географии фамилия Низинцев (и Низинцева) тяготеет к центральным и южным областям России, особенно к чернозёмным регионам, где рельеф холмисто-овражный, а низины — характерная деталь пейзажа. В дореволюционных переписях она фиксировалась в Курской, Воронежской, Тамбовской губерниях. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — людьми, которым прозвище давали по земле, на которой они селились.

Таким образом, фамилия Низинцева — не про «низкое происхождение», а про топографическую метку: предок жил в низине, и это отличие закрепилось в родовом имени.