Фамилия Нко — редкий для России случай, когда фамилия не просто короткая, а состоит из трёх букв и не имеет славянского суффикса. Это сразу указывает на её иноязычное происхождение. В русском языке фамилии на -ко часто воспринимаются как украинские или белорусские (например, Шевченко, Коваленко), но Нко выбивается из этого ряда: в ней нет соединительной гласной или корня, который можно было бы осмыслить по-славянски.

Скорее всего, фамилия Нко — африканская, точнее, западноафриканская. В таких странах, как Нигерия, Камерун или Гана, распространены короткие фамилии, часто начинающиеся или заканчивающиеся на «нко» (например, Нкондо, Нкоси). Само «нко» в языках группы банту может означать «вещь», «предмет» или быть частью личного имени, указывающего на порядок рождения (первый, второй ребенок). В русскоязычной среде фамилия могла появиться через учёбу иностранных студентов в СССР или через смешанные браки.

Вторая, менее вероятная версия — искусственное сокращение или адаптация. В советское время при оформлении документов длинные фамилии могли урезать, и Нко могло остаться от более сложной формы вроде Некрасов или Неклюдов, но это чисто умозрительное предположение. Никаких подтверждений в ономастических словарях эта гипотеза не имеет.

Географически носители фамилии Нко в России встречаются единично, в основном в крупных городах. Фамилия не склоняется по падежам в мужском и женском роде. Никаких следов дворянского или крестьянского происхождения в русской истории у неё нет — это поздний привнесённый элемент.