Фамилия Нмерукини — один из тех редких случаев, когда написание подсказывает происхождение быстрее, чем значение корня. Первое, что бросается в глаза: три согласные подряд в начале — «Нмр». Для русского языка такое сочетание нетипично, а вот для греческого — норма. Фамилия, скорее всего, образована от греческого слова, которое легло в основу прозвища, а затем превратилось в фамилию с помощью русского суффикса -ин.

Вероятнее всего, исходная форма — греческое Νημερούκης (Нимерукис). Корень восходит к слову «νημερής» (нимерис), что значит «точный», «аккуратный», «безошибочный». В греческих говорах и в церковном обиходе это слово могло относиться к человеку пунктуальному, дотошному или, напротив, к тому, кто славился безошибочностью в счете, записях или ремесле. Фамилии на -укис (-ούκης) распространены на Крите и в некоторых регионах материковой Греции, и часто они указывают на личное качество или прозвище.

Русский суффикс -ин добавили уже в России, когда фамилию русифицировали. Носитель мог быть греком, переселившимся в Российскую империю, или потомком греческих колонистов (например, из Приазовья или Крыма). Встречаются варианты написания Нимерукин и Немерукин, где «и» меняется на «е» под влиянием акающего произношения. Исходный вариант Нмерукини — результат упрощения или записи на слух, когда безударный гласный «и» после «н» просто выпал.

Других версий происхождения, объясняющих сочетание «нмр», практически нет. Славянские корни вроде «нем-» или «мер-» здесь не работают: приставки «н-» в русском языке не существует, а корень «меру» не даёт осмысленного прозвища. Поэтому греческая этимология остаётся единственной убедительной. Фамилия очень редкая, в открытых базах данных встречаются буквально единичные записи, в основном на юге России.