Фамилия Нмкунина — редкий случай, где написание сразу бросается в глаза и вызывает вопросы. Первое, что видит читатель: сочетание «нмк» в начале, которое для русского уха звучит необычно. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а русифицированная форма, возникшая в результате адаптации иноязычной основы. В исконных русских фамилиях такое стечение согласных почти не встречается — здесь явно работала не славянская, а иная модель словообразования.

Самый вероятный путь происхождения — от тюркского или кавказского имени или прозвища. Основа «Нмкун» может быть искажённым при передаче на русский язык вариантом имени Нукун, Нукуш или другого личного имени, распространённого у народов Северного Кавказа или Поволжья. Суффикс «-ин» в финале — типичный русский патронимический показатель, который добавляли при оформлении фамилий по модели «чей?» — «Нмкунин сын». То есть фамилия буквально означает «принадлежащий Нмкуну» или «потомок Нмкуна». Со временем, при записи в документах, буква «у» могла выпасть или замениться на «м» (Нмкун вместо Нукун) из-за особенностей произношения или неверного прочтения писцом.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным русским словом. В некоторых говорах «мкун» или «мкуня» могло быть прозвищем для молчаливого, угрюмого человека (от «мкнуть» — замолчать, притихнуть). Но в таком случае фамилия скорее имела бы форму Мкунин, а не с начальным «н». Поэтому тюркское или кавказское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Нмкунина крайне редка. Её носители, по всей видимости, сосредоточены в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением — например, в Астраханской области, Татарстане, на Северном Кавказе. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении — возможно, в XIX — начале XX века, когда представители нерусских народов активно получали фамилии по русской модели.