Фамилия Ноебшоев — редкая и необычная по звучанию, что сразу наталкивает на мысль о её нерусском происхождении. Разберём её по составу. Основа «Ноебшо» — это, скорее всего, искажённое или адаптированное на русский лад имя или прозвище. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от имени Ноебш или Ноибш, которое могло быть вариантом арабского имени Наиб (заместитель, наместник) или Нух (библейский Ной), записанным в местной диалектной форме. Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий: «чей?» — «Ноебшоев», то есть сын (или потомок) Ноебша. Это типично для регионов, где русское делопроизводство фиксировало имена местных народов, добавляя к ним русские окончания.

Географически фамилия, вероятнее всего, происходит из Северного Кавказа или Закавказья. В осетинском, чеченском, ингушском или дагестанском именослове встречаются имена, созвучные с «Ноиб» или «Нух». Например, у ингушей и чеченцев имя Ноиб (в значении «заместитель», «помощник») было распространено, особенно в среде духовенства или военных. В XIX веке, во время Кавказской войны, титул «наиб» носили приближённые имама Шамиля. Поэтому предок носителя фамилии мог быть либо уважаемым человеком с таким именем, либо носить прозвище, данное по должности или религиозному статусу.

Обратим внимание на окончание «-шоев». В русских фамилиях суффикс «-ев» обычно присоединяется к основам на мягкий согласный или «й». Здесь же мы видим «-шоев», что может говорить о том, что исходная форма имени заканчивалась на «-шо» (например, Ноебшо). Такая адаптация характерна для тюркских или кавказских языков, где распространены имена с уменьшительно-ласкательным или просторечным окончанием «-шо». В осетинском языке, например, есть имена, оканчивающиеся на «-шо» (Хасаншо, Ахсаршо).

Таким образом, Ноебшоевы — это, скорее всего, потомки человека по имени Ноебш (Ноиб, Нух), жившего в горной или предгорной местности на Кавказе. Фамилия закрепилась в русской документации в XIX — начале XX века, когда проводились массовые переписи и запись фамилий у горских народов. Никаких иных версий, кроме кавказской, у этой фамилии нет — славянские или финно-угорские корни здесь исключены из-за нехарактерной для них основы.