Фамилия Нокикова — женская форма фамилии Нокиков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Нокик. Суффикс -ик в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму имени. В данном случае Нокик — это, скорее всего, диалектный вариант крестильного имени Евдоким (от греческого «славный»). В народной речи «Евдоким» сокращалось до Авдоким, потом до Докима, а от него пошли уменьшительные формы вроде Ноким и Нокик. Фамилии с таким корнем типичны для русского Севера и Поволжья, где говоры активнее укорачивали полные имена.

Есть и другая версия, более простая: Нокик могло быть прозвищем, данным человеку с необычной походкой или манерой двигаться. В некоторых говорах «нокикать» означало «ходить вразвалку» или «ковылять». Однако эта гипотеза слабее, так как глагол редкий и локальный. Правдоподобнее всё же связь с Евдокимом: на Руси почти любое имя могли «ужать» до короткого прозвища, а потом закрепить за потомками.

Фамилия Нокикова не принадлежит к числу распространённых. Её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где фамилии часто образовывали от уличных прозвищ, а не от официальных документов. Если сравнить с однокоренными — Нокимов, Нокин, — то Нокиков стоит особняком из-за суффикса -ик, который в фамилиях почти всегда указывает на конкретного человека, а не на род занятий. То есть предок был просто «Нокик», сын Евдокима, и его дети пошли уже как Нокиковы.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых записях могли писать «Нокiковъ» или «Накиков» под влиянием акающего произношения. Но современная литературная форма — Нокикова — закрепилась именно с «о» в первом слоге.