Фамилия Номикосов — один из тех редких случаев, когда корень слова не славянский, а греческий, и попал он в русский язык через церковную среду. В основе лежит греческое «номикос» (νομικός) — «законник», «юрист», «знаток права». В Византии так называли церковных юристов, а в России это слово закрепилось за чиновниками при архиерейских домах, которые разбирали брачные дела, наследственные споры и другие вопросы церковного суда. Номикос — не священник, а светское должностное лицо при епархии.

Фамилия образована по стандартной русской модели: основа «Номикос» плюс патронимический суффикс «-ов», означающий «сын» или «потомок». То есть Номикосов — буквально «сын номикоса». Такое построение характерно для фамилий, возникших в среде духовенства и приказных людей в XVIII–XIX веках, когда греческие термины активно входили в обиход русской церковной администрации.

Важная деталь: в отличие от большинства фамилий, образованных от названий профессий (Кузнецов, Плотников), Номикосов почти наверняка не отражает занятие самого предка, а указывает на его отца. Первый носитель был либо сыном, либо внуком человека, служившего номикосом. Сама должность была не массовой — таких специалистов в каждой епархии было по одному-два, поэтому фамилия осталась редкостной.

Обычно фамилии на «-ов» от греческих основ встречаются у потомков духовенства (например, Афиногенов, Парфенов). Номикосов — из той же группы, но с более узкой профессиональной привязкой. Географически фамилия тяготеет к южным и центральным губерниям России, особенно к тем, где было сильно греческое влияние через Киевскую и Екатеринославскую епархии. Встречается она и у казачества — возможно, из-за того, что в войсковых канцеляриях тоже требовались люди, разбирающиеся в законах.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: что фамилия произошла от прозвища Номикос, данного человеку за придирчивость или любовь к спорам по правилам. Но церковно-административное происхождение выглядит убедительнее — слишком специфичен термин, чтобы стать народным прозвищем.