Фамилия Нонинян — редкий пример того, как армянская модель образования фамилий переплелась с еврейским именником. В основе лежит прозвище Нонин, к которому добавили армянский патронимический суффикс -ян, указывающий на принадлежность к роду. Само слово «азганун», которым армяне обозначают фамилию, буквально переводится как «имя клана», и Нонинян как раз отвечает этой логике: фамилия указывает на предка, от которого пошёл род.

Прозвище Нонин, в свою очередь, образовано от идишской ласкательной формы имени Нахум. В переводе с иврита Нахум означает «утешитель». Суффикс -ин в этом случае работает как показатель принадлежности, поэтому исходное прозвище Нонин несло прямой смысл «сын Нахума». Такую модель часто используют в еврейской среде, где отцовское имя становилось основой для семейного прозвания, а уже оно, попав в армянскую языковую среду, обрастало типичным окончанием -ян.

Существует и вторая, менее вероятная версия. Согласно ей, основа фамилии — женское имя Нона, которое восходит к латинскому слову nona, то есть «девятая». Так могли назвать девочку, родившуюся девятой по счёту в семье. В этом случае цепочка выглядит иначе: от имени Нона образовалось прозвище Нонин («сын Ноны»), а затем к нему добавили армянский суффикс. Версия правдоподобна, но уступает первой: мужское имя Нахум в качестве основы встречается чаще, чем женское Нона, особенно если учесть, что фамилии в традиционных обществах почти всегда закреплялись по мужской линии.

Все эти форманты — и -ин, и -ян — первоначально означали одно: «из семьи такого-то» или «из рода такого-то». Поэтому фамилия Нонинян на раннем этапе своего существования имела значение «из рода Нонина». Со временем смысловая прозрачность стёрлась, и фамилия закрепилась как самостоятельное родовое имя, уже не требующее расшифровки.