Фамилия Нонява — редкий случай, когда географический указатель в суффиксе почти наверняка перевешивает все остальные версии. Суффикс -ва в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на топонимическое происхождение: так образовывали фамилии от названий рек, сел или урочищ. Сравните: Москва — Москвин (но не Москва), однако в ряде случаев суффикс закрепился в форме прилагательного на -ский, а -ва — это скорее финно-угорский или балтийский след в основе. Нонява, скорее всего, восходит к названию населенного пункта — например, деревни или речки Ноня, Нонь или Нонява. В таком случае фамилия отвечает на вопрос «откуда родом»: предок был выходцем из места с таким именем.

Основа Нон- может иметь несколько корней. В говорах русского Севера и в финно-угорских языках «ноня» или «нонь» — это «нежный», «ласковый», иногда «тихий» (сравните с карельским noni — «милый»). В коми-пермяцком языке есть слово «нонь» — «сопливый», «мокрый», что могло стать прозвищем для ребенка или человека с особенностью. Но для фамилии, образованной через суффикс -ва, прозвищная версия менее вероятна: прозвища обычно давали суффиксы -ов/-ев, -ин, а -ва — это почти всегда топоним.

Есть и более прозаичная версия: Нонява может быть искаженным написанием фамилии Ноняев или Ноняков, где конечное -ва возникло при переписи из-за диалектного произношения (аканье или замена окончаний). Однако в документах и переписях XIX века фамилия встречается именно в форме Нонява, без вариантов, что говорит о ее устойчивости.

Географически фамилия привязана к северо-западу России: единичные носители встречаются в Вологодской, Архангельской областях и в Карелии. Это совпадает с зоной, где финно-угорская топонимика на -ва (Вологда, Суда, Кубена) — обычное дело. Вероятнее всего, предок Нонявы жил в деревне, стоявшей на речке Ноня или Ноньва, и при переезде в город или другую волость получил фамилию по месту прежнего жительства.

Сословно фамилия не указывает на дворянство или духовенство — скорее на крестьянское или мещанское происхождение. Суффикс -ва не характерен для фамилий знати, которые обычно заканчивались на -ов, -ин или -ский. Нонява — фамилия, которая говорит о корнях и месте, а не о роде занятий или личном качестве.