Фамилия Ноппе — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не славянское. В русской среде фамилии на -е, -о, -и без суффикса — это обычно заимствования, причём недавние. Ноппе, скорее всего, немецкая или прибалтийско-немецкая фамилия, которая попала в Россию вместе с переселенцами или специалистами, приглашёнными в XVIII–XIX веках.

Самый прямой путь к значению — немецкая фамилия Noppe или Nop(p)e. В немецком языке «Noppe» — это узелок, ворсинка или шишечка на ткани, а также технический термин в текстильном деле. Прозвище могли дать ткачу, суконщику или человеку, который занимался очисткой ткани от узелков. Вторая версия, менее вероятная для России, — от нижненемецкого диалектного слова «nopp» (клюв, нос), то есть прозвище носатого человека. Но для русских архивов первая версия практичнее: в Поволжье и на юге Украины, где селились немецкие колонисты, текстильные ремёсла были распространены.

Фамилия Ноппе не получила в России суффикса -ов или -ин, что говорит о позднем закреплении и о том, что её носители долго сохраняли немецкое самосознание. В метрических книгах лютеранских приходов Санкт-Петербурга, Москвы и колоний Саратовской губернии эта фамилия встречается с начала XIX века. В современной России она остаётся редкой, сосредоточена в основном в крупных городах и в бывших немецких поселениях. С точки зрения словообразования, это чистая основа без русского оформления — редкий тип для массовой русской фамильной системы, но типичный для обрусевших иностранных родов.