Фамилия Норгапрухолишкин — настолько редкая и необычная, что первое, что приходит в голову: перед нами не исконно русская фамилия, а поздняя искусственная или искажённая запись иноязычной, скорее всего, прибалтийской или финно-угорской, фамилии. В русском языке нет корней «норг-», «прух-» или «холиш-», а типичный русский суффикс -ин (в форме -шкин) здесь прирос к чужой основе, которая подверглась сильному сокращению при адаптации.

Словообразовательная модель подсказывает: суффикс -шкин указывает на принадлежность по отцу («чей?») и обычно присоединялся к прозвищам или именам, оканчивающимся на -шк(а) или -х(а). В данном случае основа, скорее всего, была длинной и сложной, и при переписи или в быту её «обрубили» до узнаваемого русского окончания. Самая правдоподобная версия: фамилия происходит от литовской или латышской фамилии вроде Norgapruholiškis (с характерным литовским суффиксом -iškis, обозначающим выходца из местности). При переходе в русскую среду окончание переделали в -шкин, а «лишние» слоги могли отпасть или слиться.

Менее вероятная, но возможная версия — это «кабинетная» фамилия, которую давали в духовных училищах или при записи в рекруты. Семинаристы нередко получали фамилии от латинских или греческих слов, переделанных на русский лад. В таком случае «Норгапрухолишкин» могло быть шуточной или случайной переделкой, например, от латинского nurga (нечто желобчатое) или pruina (иней), но это уже область догадок.

Географически фамилия могла закрепиться на северо-западе России — в бывших прибалтийских губерниях, в Псковской или Новгородской областях, где оседали переселенцы из Литвы и Латвии. Носители такой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, и их предок носил прозвище, связанное с названием хутора, урочища или речки в Прибалтике. Полностью восстановить исходную форму сегодня почти невозможно, но ясно одно: перед нами яркий пример того, как русский язык «перекроил» чужое имя под свою грамматику, сохранив в памяти семьи необычное звучание.