Фамилия Новенников образована по редкой для русских фамилий модели: от основы «новенник» с помощью суффикса -ов. Чаще всего русские фамилии на -ов присоединяются к основе, оканчивающейся на согласный (Петр — Петров), а здесь основа заканчивается на -ик, что встречается реже. Само слово «новенник» — не общеупотребительное; оно могло быть местным диалектным прозвищем или профессией.

Скорее всего, прозвище Новенник давали человеку, который недавно поселился в деревне, — «новичку», «новосёлу». В русских говорах слово «новень» означало «новый человек», а «новенник» могло быть его производным. В таком случае фамилия прямо указывает на статус предка: он был пришлым, не коренным жителем, и это закрепилось в прозвище, а затем и в фамилии его потомков.

Есть и вторая, менее вероятная версия: «новенник» могло быть названием ремесла или занятия. В некоторых северных говорах «новенить» значило «начинать что-то новое, впервые», а «новенник» — человек, который первым пробует новое дело. Но эта гипотеза слабая, так как слово не фиксируется в основных исторических словарях ремёсел.

Географически фамилия Новенников редкая. Она встречается в основном в центральных областях России, особенно в Тверской и Смоленской губерниях, где диалектное слово «новень» было в ходу. В XIX веке носители фамилии числились в основном среди крестьян и мещан, что подтверждается ревизскими сказками.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Новиков, Новичков — показывает, что Новенников стоит особняком. Новиков образовано от «новик» (новобранец, новичок) и широко распространено. Новенников же сохранило более узкое, локальное звучание, что делает его ценным маркером для генеалогического поиска: предки были именно «новенниками», а не просто «новиками», и это слово могло быть ключом к их происхождению.