Фамилия Новоковский — одна из тех, чья форма сразу подсказывает географическое происхождение. Суффикс -ский в русских фамилиях традиционно указывает на связь с местностью: либо предок владел землёй (дворянские фамилии по названиям имений), либо, что чаще, происходил из конкретного села или города. В данном случае основа «Новоков-» почти наверняка отсылает к топониму Новоково или Новоковка. Такие названия рассыпаны по территории бывшей Речи Посполитой и западным губерниям Российской империи — современным Беларуси, Украине, восточной Польше. «Новое» в названии села часто противопоставлялось «Старому», а вторая часть могла происходить от фамилии владельца или ремесла.

Сама основа «Ков-» спорна. Она может восходить к слову «ковать» — тогда Новоковский означает «выходец из Новой Кузницы» (сравните с фамилией Ковальский, очень частой в тех же краях). Но не исключена и связь с тюркским или балтским корнем, который в славянской среде переосмыслили. Однако для носителя фамилии важнее другое: модель на -ский была особенно популярна у польской шляхты и украинской казацкой старшины, но со временем распространилась и среди крестьян, получавших фамилию по названию родной деревни.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые давали по отцу (Иванов — сын Ивана), Новоковский — типичная «географическая» фамилия. Её носитель, скорее всего, не был первым в роду, кто её получил: она закрепилась за целой семьёй или общиной, переселившейся из одного места в другое. В документах XIX века такую фамилию могли записать и как Новоковский, и как Новоковской — колебания в окончании (-ий/-ой) встречаются постоянно.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень «нов-» + соединительная гласная «о» + «ков» (от «ковать» или топонима) + суффикс -ск- + окончание -ий. Ударение обычно падает на второй слог: Ново́ковский, хотя в некоторых говорах могли ставить на третий. Встречаются однокоренные варианты Новоков, Новоковцев, Новоковкин — они образованы по другим моделям, но все восходят к той же основе.

Если искать редкую деталь: в польских метриках фамилия могла писаться как Nowokowski, что указывает на её возможное шляхетское происхождение в Великом княжестве Литовском. Однако документальных подтверждений принадлежности к гербовым родам для этой фамилии нет — скорее всего, она осталась фамилией однодворцев или зажиточных крестьян, которые первыми получили личную свободу и закрепили за собой название родного хутора.