Фамилия Нойнец — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а немецкое слово, причём в довольно неожиданном качестве. Если смотреть на суффикс, то -ец указывает на типичную восточнославянскую модель образования: так делали фамилии от названий местностей, народов или прозвищ (ср. Донец, Чернец, Молодец). Но корень Нойн- явно не славянский. Самое прямое объяснение — немецкое числительное «neun» (девять). В таком случае Нойнец — это «девятый» или «тот, кто имеет отношение к числу девять».

Как такое могло возникнуть? В немецкой традиции прозвища по числам давали, например, девятому ребёнку в семье (ср. русское Девятов). Но на русской почве фамилия могла появиться через контакт с немецкими колонистами, которых в XVIII–XIX веках активно селили в Поволжье, Новороссии и на Волыни. Местные жители могли переделать немецкую фамилию Neu(n)etz или прозвище Neuner в более привычную по звучанию форму Нойнец, прилепив славянский суффикс.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — от немецкого топонима. Есть несколько деревень и замков с названием Neun (например, в Баварии). Тогда Нойнец — это «выходец из Нойна». Однако географическая привязка слабая: в России подобные названия не зафиксированы.

Фамилия крайне редкая. В современных базах данных России и Украины она встречается единично, без выраженного регионального гнезда. Это говорит о том, что носителей мало и фамилия не прошла стадию массового распространения. Скорее всего, предок был либо немецким колонистом, чью фамилию адаптировали на славянский лад, либо человеком, получившим прозвище «Девятый» в смешанной среде.

Словообразовательная модель проста: основа Нойн- + суффикс принадлежности -ец. Ударение, вероятно, на первый слог — Нóйнец, хотя в устной речи нередко смещается на окончание под влиянием аналогичных фамилий (Кузнец, Холодец).