Фамилия Нойышов — редкая и нестандартная для русского уха. Её основа не имеет очевидных славянских корней, и разумнее всего искать происхождение в тюркских языках, особенно в марийском или чувашском, где схожие звукосочетания встречаются в личных именах и прозвищах.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий — «чей?», «сын кого?». Значит, предка звали Нойыш. Само имя Нойыш могло возникнуть как вариант марийского имени Ной (библейский Ной) с уменьшительным или ласкательным суффиксом -ыш, характерным для финно-угорских языков Поволжья. То есть Нойыш — это «маленький Ной» или «Нойка». В марийской традиции библейские имена через христианизацию входили в обиход, но часто получали местное звучание.

Вторая версия — от тюркского прозвища, связанного с понятием «ноющий» или «жалобный». В татарском и башкирском языках есть корень «ной» со значением «плач, стенание». Прозвище Нойыш могли дать человеку за печальный голос, привычку жаловаться или даже за профессию плакальщика на похоронах. Суффикс -ыш в тюркских языках образует существительные, обозначающие действие или результат: «нойыш» — буквально «нытьё, плач». Такое прозвище закреплялось за человеком, а затем через русское окончание -ов превратилось в фамилию.

Географически фамилия Нойышов, скорее всего, привязана к территории Марий Эл, Чувашии или Татарстана. В документах XIX века она не встречается в центральных губерниях России, что подтверждает её локальное происхождение. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Нойышов стоит особняком как пример межэтнического контакта: тюркская или финно-угорская основа, обрусевшая через суффикс.

Из-за редкости фамилии её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких соседних деревень. Если ваш предок носил фамилию Нойышов, он мог быть крестьянином-марийцем или чувашом, принявшим православие, а его прозвище отражало либо уменьшительную форму имени, либо характерную черту поведения.