Фамилия Нтипенко — редкий случай, когда основа не поддаётся очевидной славянской этимологии. С первого взгляда видно украинский суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках массово присоединяли к прозвищам и именам, чтобы обозначить сына или потомка. Но корень «Нтип» для русского и украинского уха звучит чужеродно. Скорее всего, перед нами адаптация иноязычного имени или прозвища, которое при переселении на восточнославянские земли «обрубили» до удобного звучания и добавили типовой фамильный суффикс.

Вероятнее всего, Нтипенко восходит к греческому имени Антип (Αντίπας) — сокращённой форме от Антипатр. Имя Антип известно по новозаветному персонажу, но на Руси его давали не только в церковной среде. В южных говорах начальное «А» часто редуцировалось или отпадало: Антип превращался в Нтип или Антiп, а затем, при записи фамилии в документах, форма Нтип закрепилась без возвращения гласной. Подобное «съедание» первого звука встречается у фамилий типа Некрасов (от Некрас, то есть некрасивый) или Немцов (от немец), но там отпадение осмысленное. В случае Нтипенко это, скорее, диалектная или канцелярская случайность.

Менее вероятна связь с тюркскими или кавказскими корнями, где встречаются сочетания «нт» в начале слова. Но в таком случае фамилия прошла бы через другую модель оформления — например, через -ов или -ев, а не через типично украинский -енко. Суффикс -енко надёжно указывает на территорию формирования: это центральная или левобережная Украина, исторические Полтавщина, Черниговщина, Киевщина. Именно там в XVII–XIX веках фамилии на -енко стали доминирующим типом для крестьян и казаков.

Таким образом, предок носителя фамилии Нтипенко, по всей видимости, был сыном человека по имени Нтип — местного варианта канонического Антип. Социально это, скорее всего, крестьянин или ремесленник, а не дворянин: фамилии на -енко редко встречались у высших сословий, предпочитавших -ский или -ов. Фамилия осталась редкой и сегодня — её можно встретить в основном в Украине и среди потомков переселенцев, выехавших на Кубань или в Сибирь в конце XIX века.