Фамилия Нубиан — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение не связано с типичными славянскими моделями на -ов, -ин или -ский, и это сразу подсказывает, что перед нами фамилия, скорее всего, книжная, искусственная или заимствованная.

Самая прямая версия — географическая. Нубия — историческая область в долине Нила, на территории современного Египта и Судана. Фамилия Нубиан могла возникнуть как прозвище для человека с тёмной кожей или выходца из тех краёв. В России XVIII–XIX веков, когда формировались фамилии у духовенства и разночинцев, семинаристы нередко получали фамилии по экзотическим топонимам: Иорданский, Аравийский, Нубиан. Священник или учитель, увлекавшийся библейской историей (Нубия упоминается как Куш в Ветхом Завете), мог взять себе такую фамилию при поступлении в семинарию. Это объясняет и редкий суффикс -ан, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на латинизированную или грецизированную форму (сравните Христиан, Иордан).

Менее вероятная, но возможная версия — западное происхождение. В английском языке Nubian — это прилагательное от Nubia, и фамилия могла попасть в Россию через иностранцев (например, британских моряков или торговцев) или через еврейские семьи, где такая фамилия могла быть дана как указание на происхождение из нубийской общины. Однако для русской среды вариант с семинарским корнем выглядит убедительнее.

Словообразовательно фамилия простая: корень Нуби- (от Нубия) и суффикс -ан, который выполняет роль аффикса принадлежности, превращая географическое название в фамилию. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Нубиа́н, хотя в разговорной речи возможен вариант Ну́биан по аналогии с английским произношением.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Встречается только Нубийский, но это ещё более редкая форма. Носители фамилии Нубиан — люди, чьи предки, вероятно, имели отношение к образованию или церкви, а сама фамилия — яркий маркер книжной, а не крестьянской традиции именования.