Фамилия Нухторов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а диалектное слово, почти забытое в литературном языке. Корень «нухт-» родствен глаголу «нукать», который в ряде говоров означал не просто понукать лошадь, а вообще подгонять, торопить, заставлять делать дело окриком. Соответственно, прозвище Нухторь или Нухтор мог получить человек нетерпеливый, торопливый, либо тот, кто любил командовать и покрикивать на других — в крестьянской среде такие прозвища давались метко и без обид.

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую модель: Нухторов — сын Нухтора. Фамилия образована не от церковного или календарного имени, а от бытового прозвища, что типично для поздних крестьянских фамилий центральной России и Поволжья. Географически фамилия встречается разрозненно, чаще в документах XIX века из Нижегородской и Костромской губерний, где диалект «нукать» был особенно распространён. В некоторых переписях встречается вариант Нухтарев, где корень тот же, но суффикс «-арь» указывал на деятеля (нухтарь — тот, кто нукает).

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: Нухторов. Второй вариант — на второй слог (Нухторов) — возможен, но менее характерен для фамилий с суффиксом «-ов», образованных от двусложных основ.

В отличие от фамилий на «-ин» (типа Нухторин), которые могли возникнуть от женского прозвища или отчества матери, Нухторов — чисто патронимическая форма по отцу. Спорных версий здесь немного: иногда корень связывают с тюркским «нухта» (недоуздок, узда), но это натяжка — в русских говорах слово «нухта» не фиксируется, а прозвище по конской сбруе было бы скорее Недоуздков или Уздечкин. Правдоподобнее видеть в фамилии след живой народной речи, где «нухторить» означало «делать что-то с шумом и понуканием».