Фамилия Нунчакин — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа не имеет ничего общего с оружием (нунчаки), которое стало известно в СССР только в 1980-х годах, через кино с Брюсом Ли. Фамилия явно старше, и её корень — диалектный или иноязычный.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Нунчакин — буквально «сын Нунчаки» или «человек из рода Нунчаки». Само прозвище Нунчака могло возникнуть от глагола «нунчакать» — в некоторых северных говорах так называли невнятную, бормочущую речь, похожую на ворчание. Человека с неразборчивым говором или ворчливого старика могли прозвать Нунчакой, а его потомков — Нунчакиными.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками. В казахском и киргизском есть слово «нунча» (нунчак) — «небольшой мешочек», «кисет». Если предок был мастером по шитью кисетов или торговал ими, прозвище Нунчака могло закрепиться за ним. Однако такая версия требует дополнительных доказательств — фамилия почти не встречается в тюркоязычных регионах.

География фамилии узкая. По данным открытых источников, Нунчакины — преимущественно жители Архангельской области и Карелии. Это косвенно подтверждает версию о северном диалектном корне: именно в поморских говорах зафиксированы слова с похожей звуковой структурой. Фамилия не получила широкого распространения, осталась локальной, что типично для прозвищных фамилий, не перешедших в разряд массовых.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться через «о» — Нунчокин, так как в северных говорах аканье слабое, а безударное «а» часто заменялось на «о». Современное написание закрепилось после реформы орфографии, но вариативность в документах XIX века вполне вероятна.