Фамилия Нуппаева — редкая, её корни уходят в тюркскую языковую среду. Основа «Нуппа» или «Нуппай» — это, скорее всего, прозвище или личное имя, образованное от тюркского слова, связанного с понятием «ровный», «гладкий» или «спокойный» (сравните с казахским «нуп» — ровный, без изъянов). Встречается также версия, что в основе лежит диалектное «нуппа» — так в некоторых регионах называли невысокого, плотного человека с медлительной походкой. Суффикс «-ева» указывает на принадлежность: «дочь или жена человека по прозвищу Нуппа». Если бы фамилия была мужской, она звучала бы как Нуппаев.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и прикаспийским степям, чаще всего встречается среди ингушей, чеченцев и некоторых тюркских народов (ногайцы, кумыки). В горских обществах прозвище могло закрепиться за родом, где предки славились невозмутимостью и уравновешенностью — качествами, которые ценились в условиях суровой горной жизни. Интересно, что в дореволюционных записях фамилия могла фиксироваться как Нупаева или Нупаев, с одной «п», что связано с особенностями записи тюркских звуков русскими чиновниками.

По сословному составу — это не дворянская и не купеческая фамилия. Её носители, скорее всего, были из свободных общинников (крестьян-горцев) или казаков. Встречаются единичные упоминания фамилии в метрических книгах конца XIX века по Терской области, что подтверждает её локальный характер. Других версий, например, от финно-угорских корней или от славянского «нуп» (такого слова в русском языке нет), не существует — это чистый тюркизм, адаптированный к русской фамильной модели.