Фамилия Нуптекеев — редкая и неочевидная с точки зрения русского уха. Если отбросить догадки о тюркском происхождении, которые напрашиваются по звучанию, то мы почти наверняка сталкиваемся с фамилией, возникшей в среде крещёных народов Поволжья, скорее всего, у чувашей или марийцев. Форма на -еев (вместо привычного русскому слуху -ов) — верный признак, что основа фамилии оканчивалась на мягкий согласный или гласный переднего ряда. В русской канцелярской традиции XIX века фамилии нерусских крестьян часто записывали по живому произношению, и суффикс -еев закрепился именно там, где исходное слово звучало как «Нуптекей» или «Нуптеке».

Разобрать основу сложнее, но есть две рабочие гипотезы. Первая: в основе лежит чувашское слово «нупте» — «порча», «сглаз», «наговор». В этом случае Нуптекеев — потомок человека, которого прозвали Нуптеке (или Нуптеке) за связь с колдовством, знахарством или, наоборот, за постоянные жалобы на порчу. Вторая версия: корень восходит к диалектному марийскому «нуптыш» — «глухой», «заросший» (о лесе или болоте). Тогда прозвище Нуптеке мог получить житель глухой, лесной стороны.

Оба варианта указывают на одно: фамилия не великорусская и не татарская (для татар типичны окончания -ов/-ев от имён на -улла, -гали). Она бытует в зоне контакта чувашского и марийского языков — на территории современных Чувашии, Марий Эл и юга Нижегородской области. Писарь, записывая фамилию в метрику, скорее всего, исходил из прозвища отца семейства, которое в третьем поколении закрепилось как Нуптекеевы. Сословно это, вероятнее всего, государственные крестьяне, а не дворяне или купцы — фамилия не встречается в родословных книгах и списках служилого дворянства. Морфологически фамилия проста: основа «Нуптеке» плюс стяжённый патронимический суффикс -ев, то есть «сын Нуптеке».