Фамилия Нусипакинов — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Она явно образована от прозвища или имени Нусипака с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Нусипакина» или «из рода Нусипакиных». Сама же основа Нусипака — почти наверняка сложное слово, образованное из двух частей: «нуси» и «пака».

Первая часть, «нуси», скорее всего, восходит к тюркскому «нусы» или «нуси» — искажённая форма от «нус» (хлеб, еда) либо от арабского «нус» (половина). Вторая часть, «пака», может быть вариантом имени Пака (краткая форма от Павел или Пахом) либо тюркским словом «пак» (чистый, настоящий). Таким образом, Нусипака могло означать «хлебная половина» (прозвище пекаря или кормильца) или «чистый хлеб» — метафорическое прозвище человека, связанного с выпечкой или торговлей зерном.

Однако существует и другая, более правдоподобная версия. В тюркских языках (особенно в казахском, татарском, башкирском) «нусып» (или «нусип») — это форма имени Юсуф (Иосиф). А «пака» — уменьшительно-ласкательный суффикс. Тогда Нусипака — это простонародная, диалектная форма имени Иосиф (Юсуп, Нусуп) с ласкательным окончанием. Фамилия Нусипакинов — «сын Нусипаки», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительным вариантом имени Юсуф.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением — Поволжье, Урал, Северный Кавказ, а также к русским старообрядческим общинам, где могли оседать татары или башкиры, принимавшие православие. Встречаемость фамилии крайне низкая — это не массовая, а штучная фамилия, что говорит о её относительно позднем оформлении (вероятно, в XVIII–XIX веках) и узком ареале. В официальных источниках (списках дворян, купцов, ревизских сказках) она почти не фиксируется — скорее всего, носители были крестьянами или мещанами.

Таким образом, Нусипакинов — это фамилия-патроним от тюркизированного уменьшительного имени Юсуф (Иосиф), которая осталась редкой из-за локального бытования и нестандартной для русского уха основы.