Фамилия Нядонги — один из тех редких случаев, когда происхождение лежит не в славянской, а в финно-угорской среде, скорее всего, в коми или коми-пермяцком языке. В этом её главная особенность: она не вписывается в привычные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский.

Основа фамилии — «нядонг» или близкое к нему диалектное слово. В коми языке «няд» означает «гниль», «труха», а также может относиться к чему-то рыхлому, непрочному. Суффикс «-онг» (или «-öнг») характерен для коми прилагательных и существительных, образованных от глаголов. Таким образом, «нядонг» — это нечто, что сгнило, испортилось, стало трухлявым. Прозвище Нядонг могли дать человеку неопрятному, либо тому, кто занимался заготовкой гнилой древесины (например, для растопки или поделок), либо, в переносном смысле, человеку с «гнилым» характером — ненадёжному, слабому.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с географическим названием. В Республике Коми есть река Нядонга (приток Вычегды) и посёлок Нядонга. В этом случае фамилия Нядонги — это указание на выходца с этих мест: «из Нядонги». Окончание «-и» в русской записи — типичная передача коми множественного числа (как в фамилиях Коми, Ижмы), закрепившаяся в паспортах. То есть Нядонги буквально означает «из рода Нядонгов», «те, кто с Нядонги».

Фамилия крайне редкая и географически привязана к северо-востоку европейской части России. Встретить её можно в основном среди коми-зырян и коми-пермяков. Социальный состав носителей был, скорее всего, крестьянским или охотничье-промысловым, что типично для этого региона до XX века. В письменных источниках (например, в переписях населения Вологодской губернии XIX века, куда входили земли коми) она могла фиксироваться в разных вариантах написания, пока не устоялась современная форма.