Фамилия Няфкин — редкая и звучит необычно для русского уха. Её основа, «Няфа» или «Няфка», скорее всего, является прозвищем, а не производной от крестильного имени. В русской ономастике такие фамилии обычно возникали из характерных черт внешности, поведения или бытовых ситуаций.

Самый вероятный корень — диалектный глагол «няфкать» или «нявкать», означающий мяукать, издавать жалобные, тягучие звуки. В некоторых говорах (особенно северных и сибирских) так могли сказать о плаксивом, капризном или просто тихом, «мягком» человеке. Прозвище Няфа или Няфка мог получить ребёнок или взрослый с такой манерой речи. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Няфкин, то есть сын или потомок Няфки.

Менее распространённая, но возможная версия — связь со словом «няня». В диалектах «няфа» могло быть ласкательным или сокращённым обращением к няньке, кормилице. В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком, который работал нянькой, или за ребёнком, которого так называли в семье.

Фамилия Няфкин не встречается в старых боярских или дворянских списках — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, образованная от уличного прозвища. Она могла появиться в нескольких разрозненных родах независимо друг от друга, поэтому искать единую географическую точку происхождения сложно. Сейчас носители фамилии встречаются преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает диалектную природу основы.

Интересно, что фамилия Няфкин избежала типичного для русских фамилий «украшения» суффиксами -ов/-ев. Форма на -ин характерна для слов, оканчивающихся на -а/-я, и здесь она сохранила исходное прозвище почти без изменений. Это делает фамилию более «прозрачной» для этимолога, хотя точное значение прозвища без записи говора конкретной местности остаётся предположительным.