Фамилия Нярья — редкая, и её происхождение угадывается не сразу. В русском языке нет корня «няр-», который давал бы очевидную семантику, поэтому первая гипотеза — иноязычная основа. Скорее всего, фамилия восходит к финно-угорским языкам, распространённым на северо-западе России и в Поволжье.

В карельском, вепсском и финском языках есть слово «närhi» — сойка. Птица яркая, крикливая, заметная. Прозвище Нярья могли дать человеку с громким голосом, пёстрой одеждой или беспокойным характером. Форма фамилии — чистая основа без суффикса -ов/-ев или -ин, что для русских фамилий нетипично, но встречается в среде, где русский язык смешивался с местными наречиями. В Карелии, Архангельской области или на Кольском полуострове такие бессуффиксные фамилии фиксируются у поморов и карелов.

Вторая версия, менее вероятная, — связь с саамским «нярр» (берег, край). Тогда Нярья — тот, кто живёт у берега или на краю селения, но эта гипотеза слабее: прозвища от ландшафтных терминов обычно давали в форме прилагательных или с суффиксами, а не «голым» корнем.

Социальный контекст фамилии прост: её носители в XIX веке — крестьяне или рыбаки северных губерний. Дворянских родов с такой фамилией нет, в списках купцов и духовенства она тоже не встречается. Фамилия Нярья — редкий пример того, как прозвище от названия птицы перешло в наследственное имя, минуя типичные русские суффиксы.