Фамилия Нярянина — редкий случай, когда женская форма прочно закрепилась в документах. Скорее всего, перед нами не мужская фамилия с окончанием -ин, а именно фамилия женщины, записанная в родительном или именительном падеже женского рода. В русской традиции фамилии на -ина образуются от мужских основ (Никита — Никитин, Няря — Нярянин), но форма Нярянина с ударением на второй слог или на «я» могла возникнуть, если носительницей была женщина, а её муж или отец носил фамилию Нярянин. Однако в быту и метрических книгах женские варианты часто фиксировались как самостоятельные, особенно в северных и сибирских говорах, где окончание -ина могло не меняться при замужестве.

Основа фамилии — «Няря». Это прозвище или диалектное слово. В северных русских говорах, особенно в Архангельской и Вологодской областях, «няря» — человек, который нярится, то есть суетится, торопится, делает что-то неловко или назойливо. Слово «няриться» в поморских и уральских говорах означало «суетиться, метаться, делать невпопад». Возможно, прозвище Няря дали непоседливому, беспокойному человеку. Вторая версия, менее вероятная: «няря» могло быть искажением от «наряда» (нарядный человек), но это спорно, так как корень с «я» (няр-) в русских говорах чаще связан именно с суетой.

Суффикс -ин в мужском варианте Нярянин указывает на принадлежность: «чей?» — Нярин, то есть сын или потомок Няри. Если же принять версию, что Нярянина — это женская фамилия, то её мужская пара — Нярянин — была бы типичной для XVI–XVII веков, когда крестьян и посадских людей часто записывали по прозвищам. Фамилия могла закрепиться в одной из северных губерний, где диалектная лексика сохранялась дольше.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Поиск по открытым базам показывает единичные случаи в Вологодской области и среди старообрядческих семей Забайкалья, куда северные говоры были принесены переселенцами. В современной России фамилия Нярянина — скорее всего, наследие конкретной крестьянской семьи, где прозвище Няря стало родовым именем. Других версий, например, связи с финно-угорскими корнями, нет: слово «няря» не встречается в коми, карельском или вепсском языках в схожем значении.

Что касается ударения, то в живом произношении, вероятно, оно падает на второй слог: Няря́нина. Это подтверждается типичным для северных фамилий ритмом, где суффикс -ин часто оказывается под ударением. Если фамилия произносится с ударением на «я» — Ня́рянина, то это может указывать на более позднюю запись, где прозвище Няря сохранило ударение на первом слоге.