Фамилия Ныгене — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское. В русской ономастике нет суффиксальной модели, которая образовывала бы фамилию с таким окончанием от прозвища или имени. Это первый маркер того, что перед нами заимствование.

Скорее всего, Ныгене — это русифицированная форма фамилии из народов Поволжья или Сибири. Наиболее правдоподобная версия ведёт к марийскому или удмуртскому языкам. В марийском есть слово «ныгы» — «гнилой» или «трухлявый», а также «ныгыр» — «коротышка». Финаль «-ене» в марийских фамилиях часто указывает на принадлежность к роду или месту (аналог русского суффикса принадлежности). Таким образом, Ныгене могло означать «из рода Ныгы» или «ныгыский» — то есть прозвище, данное человеку за невысокий рост, хрупкость или, в переносном смысле, за некий изъян. В удмуртском языке есть близкое слово «ныгы» — «сырой, недозрелый», что тоже могло стать основой для прозвища.

Второй, менее вероятный вариант — балтийское происхождение. В литовском языке есть фамилии с основой «Nyg-» (например, Nygardas), но они крайне редки и обычно имеют другую суффиксацию. Для литовского окончание «-ене» более характерно как суффикс женских фамилий (например, Nygienė), но в русской записи оно могло закрепиться за мужчиной при миграции. Однако в этом случае фамилия должна была бы писаться через «и» (Нигене), а не через «ы».

Поскольку фамилия не входит в списки массовых русских фамилий, её носители, вероятно, сосредоточены в Марий Эл, Удмуртии или в диаспорах этих народов. Сословной принадлежности предков определить без генеалогического поиска невозможно: это могли быть как государственные крестьяне, так и марийские язычники-общинники. Фамилия не дворянская и не купеческая — такие модели в среде марийцев и удмуртов появились в XIX веке при массовой паспортизации, когда священники или писаря записывали прозвище человека на русский манер, сохранив его национальную основу.