Фамилия Ныгыба — редкий случай, когда основа фамилии не укладывается в привычные славянские модели словообразования. Она не имеет суффиксов -ов, -ин или -ский, которые превращали бы прозвище в фамилию. Перед нами, скорее всего, застывшая форма личного имени или прозвища, перешедшая в фамилию без изменений.

Скорее всего, Ныгыба — это фамилия тюркского происхождения. В тюркских языках (казахском, киргизском, татарском, башкирском) слово «ныгы» или близкие к нему формы могут означать «крепкий», «прочный», «твердый», «упорный». Суффикс или окончание «-ба» может быть вариантом аффикса принадлежности или частью сложного имени. Таким образом, Ныгыба могло быть личным именем или прозвищем, которое давали человеку за его стойкость, физическую силу или несгибаемый характер. Встречаются параллели с казахскими именами типа Ныгымет (крепкий, здоровый) или Ныгман (благодать, благо).

В русском языке фамилии на чистую основу (без суффиксов) встречаются крайне редко. Обычно это либо заимствования, либо фамилии духовенства, образованные от латинских или греческих слов. Ныгыба к этой категории не относится. При попадании в русскоязычную среду такая фамилия могла не склоняться или склоняться с трудом, что часто приводило к её искажению в документах или к попыткам «обрусить» её добавлением окончания (Ныгыбов).

Географически фамилия Ныгыба, вероятнее всего, привязана к регионам Средней Азии, Поволжья или Южного Урала, где исторически проживают тюркские народы. Встретить её в центральной России — большая редкость. Поскольку фамилия не имеет дворянских или купеческих корней в Российской империи, её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, либо из числа кочевых или полукочевых народов, где фамилии в современном понимании закрепились относительно поздно, в XIX–XX веках.

Единой и бесспорной версии происхождения нет из-за редкости фамилии и отсутствия её в массовых ономастических словарях. Самое правдоподобное объяснение — тюркское именование, связанное с качествами человека, которое сохранилось в неизменном виде как фамилия.