Фамилия Нынкиев — довольно редкая и неочевидная для бытового русского уха. Её звучание наводит на мысль о восточном или тюркском происхождении, и это первая версия, которую стоит проверить. Однако, как это часто бывает, корень может быть и русским, просто устаревшим или диалектным.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -ев, который в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на мягкий согласный или на -й. В данном случае основа — «Нынк-» или «Нынки-». Если это русская фамилия, то её могли образовать от прозвища или имени Нынка. В русских говорах слово «нынка» могло означать «нытик», «плакса» или, наоборот, быть уменьшительной формой от редкого календарного имени (например, Никита или Никандр, где произошла замена «и» на «ы» в безударном положении). Но это лишь предположение, так как в словарях древнерусских имён такое прозвище не фиксируется.

Гораздо правдоподобнее тюркская версия. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) есть корень «нын» (нынкы), который может означать «настоящий», «истинный», или же быть частью составных имён. Суффикс -ев в таком случае — это русское окончание, которое добавляли к нерусским фамилиям при их русификации. Таким образом, Нынкиев могло произойти от тюркского имени Нынкы (Нынке) — «искренний», «верный». Подобная модель (тюркская основа + русский суффикс) характерна для многих фамилий Поволжья и Приуралья.

Особенность фамилии в том, что она не входит в списки распространённых дворянских или крестьянских родов центральной России. Скорее всего, Нынкиевы — потомки служилых татар, башкир или представителей других тюркских народов, которые в XVII–XIX веках переходили на русскую службу и получали фамилии по отцу. Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего Казанского ханства, Оренбуржья или Башкирии.

Если отталкиваться от редкого корня, то стоит сравнить её с фамилиями Нынков или Нынкин. Вариант с -ев указывает на то, что родоначальника звали Нынкий или Нынкей (в тюркской огласовке), а не просто Нынка. Это дополнительный аргумент в пользу нерусского происхождения: русские прозвища на -а обычно дают фамилии на -ин (Нынкин), а на -ей — на -ев (Нынкиев).