Фамилия Нышонков — редкая, и её разбор требует внимания к деталям, которые обычно ускользают при беглом взгляде. Вопреки ожиданию, корень здесь не «ныш», а «ныр» — с закономерным чередованием согласных «р/ш». В северных и северо-западных говорах (псковских, новгородских, тверских) глагол «нырнуть» или «нырять» звучал как «нышнуть», «нышкать». От этой диалектной формы и образовалось прозвище Нышонок — «тот, кто ныряет», «водолаз» или, в переносном смысле, человек юркий, пронырливый, умеющий «уходить в воду» от опасности.

Суффикс -онок (в старой орфографии иногда -ёнок) типичен для северных и северо-восточных регионов России, особенно для Вологодской, Архангельской и Вятской губерний. Он указывает на «младшего»: Нышонок — буквально «маленький ныряльщик» или «сын Ныша» (где Ныш — усечённая форма прозвища). Такая модель образования фамилии — отчество через суффикс -онок, застывшее в форме родительного падежа множественного числа (Нышонков — «из рода Нышонков») — характерна для крестьянских фамилий, которые оформились позже дворянских, в XVII–XVIII веках.

Географически фамилия тяготеет к территории бывшего Вятского наместничества и соседних уездов. В дореволюционных метрических книгах и переписях Нышонковы встречаются в основном среди государственных крестьян — то есть лично свободных, но плативших подать землевладельцам. Никакого дворянского или купеческого следа не прослеживается, что подтверждает «ремесленное» происхождение: предок мог быть рыбаком, лодочником, плотогоном или просто человеком, промышлявшим на воде.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «ныш» означало ещё и «выдра» (от финно-угорского корня, через диалекты Карелии). Тогда Нышонок — не «ныряльщик», а «выдрёнок», прозвище звероватого, ловкого человека. Обе версии не противоречат друг другу и указывают на одну и ту же среду — приречные деревни, где вода была и кормилицей, и частью быта. Фамилия Нышонков — редкий случай, когда диалектная фонетика сохранилась в официальной записи, обойдя литературную норму.