Фамилия Нюганен звучит для русского уха непривычно, но для жителей Карелии и Финляндии она прозрачна. Её основа — прозвище Нюга, которое, предположительно, восходит к карельскому слову nyäkky — «галка». Птица эта в народной традиции не была промысловой, зато отличалась крикливым, общительным нравом, поэтому прозвище Нюга могло закрепиться за человеком говорливым, суетливым или тем, кто внешне или повадками напоминал эту бойкую птицу.

Вторая часть фамилии — суффикс -нен. Это типичный восточно-финский патронимический формант, который в Карелии и Финляндии выполнял ту же роль, что русские -ов и -ин. Буквально он означает «сын такого-то» или «из рода такого-то». Со временем такие образования перестали быть отчествами и закрепились как наследственные фамилии. Поэтому Нюганен — это «сын Нюги», «потомок Нюги».

Стоит различать этот суффикс с другим, тоже частотным в финских фамилиях, — -лайнен/-ляйнен. Последний означает «похожий на что-либо», «подобный чему-либо», а также «происходящий из какой-либо местности» или «принадлежащий к народности». Например, Виролайнен — «человек из Выборгской губернии» или «эстонец», а Карьялайнен — «карел». В фамилии Нюганен такого суффикса нет, поэтому она указывает не на географическое происхождение рода, а на личное прозвище предка.

Возможна и другая, более редкая версия: в некоторых говорах финно-угорского Севера словом «нюга» называли мох, болотистую топь. Тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему у болота, или к медлительному, вязкому в делах человеку. Но эта гипотеза менее убедительна, поскольку письменных подтверждений такого значения в карельском языке мало, а вот «галка» — слово живое и широко употребительное.

Носители фамилии Нюганен сегодня встречаются в основном в Карелии, Ленинградской области и в Финляндии, куда она попала вместе с переселенцами. В России фамилия осталась редкой, но сохранила память о том, что её носители происходят из среды прибалтийско-финского населения, которое веками жило на северо-западе страны.