Фамилия Нюганен образована от прозвища Нюга, которое, предположительно, образовано от карельского слова nyäkky со значением «галка». Также весьма характерным для финских фамилий является элемент –лайнен/–ляйнен: этот суффикс означает «похожий на что-либо, подобный чему-либо» или же «принадлежащий какой-либо народности», «происходящий из какой-либо местности».