Фамилия Нюничкина — женская форма фамилии Нюничкин, и её разбор стоит начать с неожиданного: вопреки интуиции, корень здесь не связан с плаксивостью («нюни распустить»). В русских говорах слово «нюня» или «нюнич» могло означать «сосущий», «грудной младенец», а также «неженка», «капризуля». Но в основе фамилии чаще лежит не прозвище, а крестильное имя — уменьшительная форма от канонического имени Иоанн (Иван). В народе Ивана могли называть Нюней (по аналогии с Нюшей, Нюрой), а сына такого Ивана — Нюничем. Отсюда и фамилия: Нюничкин буквально — «чей?» — сын Нюнички, то есть внук или правнук Нюни.

Модель образования типична для центральной России: суффикс -ин указывает на принадлежность, а двойной суффикс -ичк- встречается реже, чем просто -ов или -ев. Такая форма характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и мещан, где прозвища или домашние имена передавались по наследству без изменений. В документах XVII–XVIII веков можно встретить Нюничкиных в тверских и ярославских писцовых книгах — регион бытования фамилии в основном северо-восточный, что подтверждается и современными данными: чаще всего Нюничкины встречаются в Костромской, Ивановской и Ярославской областях.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от прозвища Нюничка — человека медлительного, «мямли», который говорил в нос или «нюнил». Но в говорах слово «нюнить» означало не только плакать, но и «тянуть», «мешкать». В любом случае фамилия не несёт негативного оттенка — в старину прозвища давались по внешним или поведенческим чертам без осуждения, и Нюня мог быть просто любимым младшим ребёнком в семье.

С точки зрения сословной истории Нюничкины — почти поголовно крестьяне. В ревизских сказках XVIII–XIX веков эта фамилия не встречается среди дворян или купечества; её носители — пашенные крестьяне и однодворцы южных уездов (например, Тамбовской губернии), куда переселенцы с севера принесли свой говор и фамилию. Таким образом, Нюничкина — фамилия, сохранившая в своей основе народную форму имени Иван и указывающая на происхождение из крестьянской среды Верхнего Поволжья.