Так, фамилия Нюпенко ведет свое начало от прозвища Нюп. Скорее всего, фамилия Нюпенко является украинским вариантом эстонской фамилии Нюп (Нюпп). Она образована от прозвища, которое восходит к эстонскому слову nupp. Это слово имеет множество значений: «головка, головушка», «кнопка», «котелок», «наконечник», «рукоятка, ручка», «скороспелка», «смекалка», «чердак», «черепок, шишка». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Нюп получил человек с большой головой или же умный, смекалистый. Кроме того, так могли называть того, у кого была заметная шишка на голове. Вероятно, родоначальник Нюпенко был выходцем из Прибалтики, а затем переехал на Украину. Позже прозвище Нюп, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Поэтому Нюпенко буквально понималось как «сын Нюпа». Так, в Поморском мемориале упоминается Нюпенко Федот Яковлевич, который родился в 1872 году в Одесской губернии; сапожник лесозавода № 14.