Фамилия Нюпенко в привычном для нас виде — украинская по форме, но корни её, скорее всего, уходят далеко на северо-запад, в Прибалтику. Если разобрать фамилию по составу, то украинский патронимический суффикс -енко указывает на «сына» или потомка человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основой послужило прозвище Нюп.

Самые правдоподобные объяснения связывают это прозвище с эстонским словом nupp. Слово это многозначное, и в разных контекстах оно могло означать «головка», «кнопка», «котелок», «наконечник», «рукоятка» и даже «шишка». Но самое интересное, что в переносном смысле nupp — это «смекалка» или «чердак» (то есть ум). Исходя из этого, прозвище Нюп мог получить либо человек с большой или необычной головой, либо, наоборот, тот, кто славился умом и сообразительностью. Не исключено также, что так дразнили человека с заметной шишкой на голове — благо, слово позволяло.

Вероятно, родоначальник Нюпенко был выходцем из Прибалтики, который осел на украинских землях. Там эстонское прозвище, необычное для местного слуха, не отбросили, а переосмыслили по местной традиции, добавив суффикс -енко. Так и получилось, что Нюпенко буквально означает «сын Нюпа». Прозвище со временем полностью заменило имя в документах и быту, закрепившись как наследственная фамилия.

Исторические записи подтверждают, что фамилия бытовала на юге Украины. В Поморском мемориале встречается упоминание о Нюпенко Федоте Яковлевиче, родившемся в 1872 году в Одесской губернии. Он работал сапожником на лесозаводе № 14 — обычная судьба человека из крестьянской или мещанской среды, которая не противоречит версии о переселении предков из Прибалтики в Новороссию.