Фамилия Обукс — редкая, и её происхождение почти наверняка связано с географическим названием, а не с русским прозвищем или профессией. В исконно русских фамилиях такой корень не встречается, и суффикс -с не характерен для славянских моделей словообразования.

Скорее всего, фамилия имеет прибалтийско-немецкое или латышское происхождение. В Латвии существует топоним Обукалнс (Obukalns) — холм или хутор, а также населённый пункт Обуки (Obuki). Фамилии, образованные от названий мест с окончанием на -с, типичны для латышской ономастики: они часто фиксировали, откуда человек родом. Если предок был выходцем из хутора Обуки или жил у холма Обукалнс, его могли записать как Обукс — по модели, аналогичной русским фамилиям на -ский (от названия села), но в латышском варианте.

Вторая, менее вероятная версия — эстонское влияние. В эстонском языке есть слово «oblikas» (щавель), но фамилия Обукс могла возникнуть как усечённая форма более длинной эстонской фамилии (например, Обуксаар). Однако без письменных подтверждений эта гипотеза остаётся лишь догадкой.

Поскольку фамилия не массовая, её носители, вероятно, сосредоточены на северо-западе России, в Латвии или Эстонии. В дворянских родословных книгах Российской империи Обукс не значится — это фамилия крестьянского или мещанского сословия, закрепившаяся за одной семьёй или несколькими родственными линиями.