Фамилия Охтинцев образована от топонима, причём с довольно прозрачной географической привязкой. Основа — Охта. Так называются две реки в Ленинградской области (Большая и Малая Охта), а также исторический район Санкт-Петербурга в устье одной из них. К основе добавился суффикс -ин-, характерный для притяжательных прилагательных, и фамильный суффикс -ец (в форме -ц-), который в русской ономастике часто указывает на выходца из местности: Охта → охтинский → охтинец → Охтинцев. Буквально фамилия означает «потомок человека с Охты».

Модель образования редкая и показательная. Суффикс -ец в фамилиях обычно присоединяется к топонимам, обозначая жителя (ср. Тамбовцев, Ростовцев). Но здесь промежуточное звено — прилагательное «охтинский». Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, не просто жил на Охте, а был приписан к определённому месту — например, к Охтинской слободе или Охтинскому пороховому заводу. В XVIII–XIX веках на Охте селили мастеровых, работавших на казённых предприятиях, и их потомки часто получали прозвища по месту жительства или службы.

Версия о происхождении от неканонического имени Охта (возможного варианта имени Октай или Ахмет) менее правдоподобна. Такое имя встречалось у татар, но фамилия Охтинцев с русским суффиксом -инцев и топонимическим корнем явно севернорусского происхождения. Связь с рекой Охта подтверждается и тем, что в петербургских метрических книгах XIX века фамилия фиксируется именно у мещан и крестьян, переселившихся с Охты.

Фамилия остаётся локальной: основная масса носителей до сих пор сосредоточена в Санкт-Петербурге и Ленинградской области. В других регионах России она встречается редко, что лишний раз подтверждает её привязку к конкретному гидрониму и поселению.