Фамилия Омоктуев — редкая и территориально привязанная. Её основа не имеет очевидных параллелей в русской лексике, что сразу указывает на иноязычное, скорее всего, тюркское или монгольское происхождение. Носители фамилии исторически концентрируются в Восточной Сибири, в первую очередь в Иркутской области и Бурятии. Это ключ к разгадке.

Словообразовательная модель проста: корень «Омокту» плюс типичный русский патронимический суффикс «-ев», который присоединяли к основам, оканчивающимся на согласный. Суффикс «-ев» (как и «-ов») означает принадлежность: «чей?» — «Омоктуев», то есть сын или потомок человека по прозвищу Омокту.

Само прозвище Омокту, скорее всего, восходит к бурятскому или эвенкийскому языку. В бурятском языке есть слово «омог» (род, племя, клан) и суффикс обладания «-т(у)», образующий прилагательное. Таким образом, «Омокту» может буквально означать «имеющий род», «родовитый», «принадлежащий к определённому клану». В тюркских языках Сибири (например, якутском) встречается слово «омоҕой» — сильный, могучий, богатырь. В этом случае прозвище Омокту могло указывать на физическую силу или высокий статус человека.

Менее вероятна, но возможна версия от личного имени. В антропонимиконе народов Прибайкалья встречаются имена с основой «Омо-», «Омок-». Например, у бурят есть имя Омокто (или Омогто), которое могло быть охранительным именем, данным, чтобы отогнать злых духов, или, наоборот, пожелательным — «богатырь», «силач».

Таким образом, Омоктуев — это русифицированная фамилия потомка человека, которого в иноязычной среде называли по родовой принадлежности («клановый») или по выдающейся черте («сильный»). Фамилия закрепилась в русской документации, скорее всего, в XIX веке, когда крещёное коренное население Сибири массово получало фамилии по отцу. География фамилии почти не выходит за пределы Иркутской области и Бурятии, что подтверждает её локальный, сибирский характер.