Фамилия Онекиенко — редкий случай, когда основа почти наверняка искажена при записи, и это искажение стало нормой. Скорее всего, перед нами украинская фамилия, образованная по продуктивной модели на -енко, которая в XVI–XVIII веках закрепилась в Поднепровье и Слобожанщине как указание на потомка или ученика: «чей-то сын», «чей-то помощник». Суффикс -енко в данном случае указывает на происхождение от человека по имени или прозвищу Онекий (или Онека).

Но вот с корнем начинается загадка. В украинской ономастике нет устойчивого имени «Онек» или «Онека». Самое правдоподобное объяснение — это народная переделка канонического имени Онисим (от греческого «полезный», «исполняющий»). В разговорной речи «Онисим» могло дать формы «Онисько», «Ониско», а на юге, где аканье не свойственно, но фамилии записывали часто на слух малограмотные писцы, — «Онисименко» превратилось в «Онекиенко». Смена «с» на «к» — типичная диссимиляция в живой речи.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Онек, которое могло быть краткой формой от Онуфрий (в просторечии — Онек, Онечко). Однако эта гипотеза слабее, потому что для Онуфрия в украинской традиции больше характерны формы «Онопрій», «Онопрієнко».

Таким образом, предок носителя фамилии Онекиенко, скорее всего, был сыном или потомком человека по имени Онисим (или Онисько), а необычное написание закрепилось из-за особенностей записи фамилий в XIX веке, когда писарь записал прозвище так, как услышал от самого крестьянина, — с заменой трудного «си» на более привычное «ке». Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где суффикс -енко является абсолютным лидером среди фамильных формантов.