Фамилия Онусайтис звучит для русского уха как загадка, но на самом деле её разгадка лежит на поверхности — это литовская фамилия с прозрачной словообразовательной структурой. Она образована от личного имени или прозвища Онусас (Onusas) с помощью типичного литовского патронимического суффикса -айтис (-aitis), который указывает на потомка, сына или ученика. Таким образом, Онусайтис буквально означает «сын Онусаса» или «потомок Онусаса». Основа Онус, скорее всего, является краткой формой от христианского имени Онуфрий (лит. Onufrijus) — в литовской традиции такие усечения были обычным делом. Реже, и менее убедительно, её выводят от литовского слова onuotas — «покрытый, обросший мхом», что могло быть прозвищем по внешнему виду, но версия с крестильным именем надёжнее, так как суффикс -айтис почти всегда присоединялся к именам, а не к нарицательным словам.

Фамилия Онусайтис почти не встречается за пределами Литвы и исторических земель Великого княжества Литовского. В России, Беларуси или Польше она могла появиться только в результате миграции или русификации литовских фамилий в XIX–XX веках. В советское время, когда литовские фамилии часто переделывали на русский лад, Онусайтис могла сохранить своё окончание, не получив типичного русского суффикса -ов или -ин, потому что литовские фамилии на -айтис считались «неблагозвучными» для адаптации — их либо оставляли как есть, либо меняли на -ский, но в данном случае этого не произошло. Именно по этой особенности — редкому для русского уха окончанию — фамилию легко опознать как литовскую.

По сословному происхождению Онусайтис — фамилия крестьянская или мещанская. В Литве патронимы на -айтис были массово распространены среди простого народа, особенно в Жемайтии и Аукштайтии, и лишь изредка поднимались до шляхты. Предки современного носителя фамилии, скорее всего, были литовскими крестьянами, которые в XVI–XVII веках получили фамилию по отцу, носившему имя Онуфрий. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, и в списках польско-литовской шляхты она не значится.

Сравнение с другими литовскими фамилиями показывает, что Онусайтис стоит в одном ряду с такими же патронимами, как Станкявичюс (от Станислав), Юргайтис (от Юргис) или Буткус (от Бутка). Разница лишь в том, что основа Онус встречается реже — это говорит о том, что имя Онуфрий в Литве было не самым популярным, а значит, носителей фамилии исторически было немного. Сегодня фамилия остаётся редкой, и её обладатели, если они живут в России, почти наверняка имеют литовские корни в одном-двух поколениях.