Фамилия Опупусян — яркий пример армянской родовой модели, образованной с помощью типичного патронимического суффикса -ян (варианты -янц, -енц), означающего «принадлежащий к роду такого-то» или «потомок такого-то». В отличие от русских фамилий, где суффикс -ов/-ев указывает на отца, армянский -ян закреплялся за целой династией. В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Опуп, которое само по себе не является традиционным армянским именем и явно имеет иноязычное происхождение.

Скорее всего, корень Опуп восходит к русскому слову «поп» (священник) с характерной восточнославянской огласовкой. В армянской среде, особенно в регионах со смешанным населением (например, в Нагорном Карабахе, Зангезуре или в городах Закавказья), фамилии нередко возникали на стыке языков: армянский суффикс присоединялся к заимствованной основе. Прозвище Опуп мог получить сын или внук русского или обрусевшего священника, либо человек, служивший при церкви, но не имевший сана (например, пономарь или староста). В армянской традиции фамилии на -ян редко образовывались от названий профессий напрямую, чаще — от прозвищ, данных по роду занятий.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с турецким или азербайджанским словом «опуп» (в значении «надутый», «важный»), которое могло стать ироничным прозвищем. Однако отсутствие широкого бытования такого корня в тюркских языках делает эту гипотезу слабой. Географически фамилия Опупусян редка и практически не встречается за пределами армянской диаспоры, что подтверждает её локальное, возможно, даже единичное происхождение — от конкретной семьи, получившей прозвище в одном селе или городском квартале.

Таким образом, перед нами нестандартный случай: армянская фамилия с русским корнем, застывшая в форме «потомок того, кого звали Опуп». Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из среды, где армянское и русское население тесно контактировало в XIX — начале XX века, а их предок был связан с церковью или получил шутливое прозвище от окружающих.