Фамилия Овфлыя — редчайший случай, который почти наверняка указывает на искусственное происхождение или позднюю переделку исходной формы. В русской ономастике нет ни одного устоявшегося корня, который давал бы такую основу. Сочетание «вфл» нетипично для славянской фонетики: в древнерусском языке не было слов с таким стечением согласных. Поэтому первая и самая правдоподобная версия — перед нами искажённая запись фамилии при переписи, в паспортном столе или при переходе из одного языка в другой.

Скорее всего, исходная фамилия звучала как «Овфлия» или «Овфлея». Если отбросить начальное «Ов-», остаётся корень «фл-» или «фли-», который встречается в греческих именах (например, Флегонт, Флорентий) или в фамилиях, образованных от прозвищ, связанных с рекой (сравните с названием реки Флай в Папуа — Новой Гвинее, но это маловероятно). Однако для русской почвы логичнее предположить, что основа — «Овфл-» — возникла из-за ошибки при записи фамилии Овчинников, Овсянников или Овфантьев (от имени Афанасий в просторечии Овфантий). В документах XIX века писцы нередко коверкали фамилии на слух, и сочетание «вф» могло появиться при попытке передать звук «ф» после губного согласного.

Другая версия, хотя и менее вероятная, — фамилия может быть заимствована из румынского или молдавского языка. Там есть слово «ovflui» (устаревшее, означающее «наводнять»), но в качестве фамилии оно не фиксируется. Если же предположить, что «Овфлыя» — это женская форма от мужской фамилии Овфлы (по аналогии с Долгих, Босых), то суффикс «-ых»/-их» указывает на северорусское или сибирское происхождение. В таком случае фамилия могла означать принадлежность к роду человека по прозвищу Овфла, но самого прозвища в источниках нет.

Поскольку фамилия не встречается ни в одном известном словаре (ни у Унбегауна, ни у Никонова, ни в «Ономастиконе» Веселовского), единственный способ узнать её подлинную историю — обратиться к архивным записям конкретной семьи. Возможно, в метрических книгах или ревизских сказках XIX века она записана иначе — как Овфантьев, Овфлуев или даже Афонин. Без документального подтверждения любое толкование остаётся гипотезой, но наиболее разумным выглядит путь от имени Афанасий через народную форму Овфантий к фамилии Овфантьев, которая со временем редуцировалась до Овфлыя.