Фамилия Овникян — армянская по происхождению, и её разбор стоит начать с модели образования, а не с корня. В армянском языке фамилии часто образуются при помощи суффикса -ян (-յան), который указывает на принадлежность к роду или потомка. Окончание -к- в середине (Овник-ян) — это уменьшительно-ласкательный суффикс, характерный для армянских личных имён. Таким образом, Овникян буквально означает «потомок Овника», где Овник — это уменьшительная форма от имени Ованес (армянский аналог Иоанна, то есть Иван). Ованес в переводе с древнееврейского означает «Бог милостив», и это одно из самых распространённых имён в армянской среде.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые фиксируют отчество отца, армянская модель на -ян закрепляет родовую линию: если отца звали Овник, то его дети и внуки уже носили фамилию Овникян. Такая фамилия не указывает на сословие или профессию — её могли носить и крестьяне, и ремесленники, и священники. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки носителя фамилии были армянами, скорее всего из восточных регионов исторической Армении (современная Армения, Нагорный Карабах или Джавахетия), где форма Овник как уменьшительное от Ованес встречалась чаще, чем в диаспоре.

Географически фамилия Овникян не является сверхраспространённой, но встречается в Армении и среди армянских общин России, США и Франции. В советское время, при паспортизации 1920–1930-х годов, многие армянские фамилии записывали по-русски с окончанием -ян (а не -янц, как было в некоторых диалектах), поэтому вариант Овникян закрепился как стандартный. Если бы фамилия сохраняла старую диалектную форму, она могла бы звучать как Овникянц.

Спорных версий у этой фамилии нет: корень прозрачен, суффиксальная модель типична. Важно не путать её с похожей фамилией Овнанян — та образована от имени Овнан (армянский аналог Ионы), а не от Ованеса. Овникян — это фамилия, которая прямо говорит о том, что в роду был человек по имени Овник, и через это имя связывает носителя с древней библейской традицией имени Иоанн.