Фамилия Пабияха — редкая и неочевидная для русского уха. Её разбор сразу упирается в вопрос происхождения: перед нами не славянская, а, скорее всего, финно-угорская или самодийская основа. Самая вероятная версия связывает фамилию с языками народов Севера, в частности, с ненецким или хантыйским. Компонент «яха» в этих языках означает «река» (ср. ненецкое «яха»). Первая часть — «паби» — может быть искажённым личным именем или прозвищем, либо вариантом слова, обозначающего «отец», «старик», «шаман». Таким образом, Пабияха могло означать «река Паби» или «река старика» — типичное для северных народов географическое прозвище, которое затем закрепилось как фамилия.

Русская фамилия Пабияха, судя по всему, не имеет традиционного для центральной России суффикса (-ов, -ин, -ский). Это указывает на то, что она была заимствована в готовом виде из местного языка и лишь адаптирована русской письменностью. Носители такой фамилии, вероятно, происходят из регионов Западной Сибири — Ямало-Ненецкого или Ханты-Мансийского округа. В XIX — начале XX века, при переписях и паспортизации, коренное население нередко получало фамилии по названиям рек, озёр или урочищ, где жили их семьи.

Менее убедительна, но возможна версия, что фамилия имеет коми-зырянские корни. В коми языке «яг» — «бор», «лес», а «паби» могло быть личным именем. Однако фонетика «яха» вместо «яг» делает эту гипотезу слабой. Также не стоит искать в фамилии славянскую основу: ни «паб», ни «паби» в русских говорах не зафиксированы в значении, которое могло бы дать прозвище.

Поскольку фамилия крайне редкая, её носители — это, скорее всего, потомки людей, сохранивших связь с местом происхождения. Встретить Пабияху за пределами Тюменской области или севера Красноярского края почти невозможно. В написании возможны варианты через «о» (Побияха), но основной вариант закреплён именно как Пабияха.