Фамилия Пачерняев — редкий случай, когда географическая привязка оказывается почти наверняка точнее морфологического разбора. С первого взгляда в ней угадывается корень «черн-» (от «чёрный»), но приставка «па-» и суффикс «-яев» ставят в тупик. В русском языке модель «Па- + основа + -ев» нетипична для фамилий от прозвищ или профессий. Гораздо логичнее предположить, что перед нами адаптированная украинская или белорусская фамилия, которая в оригинале звучала как Пачерняк или Почерняк. Суффикс «-як» в малороссийских говорах часто обозначал человека по внешнему признаку или роду занятий: «чорняк» — смуглый, черноволосый. При переносе в русскую среду фамилию переоформили по продуктивной модели на «-ев», добавив «й» для благозвучия (сравните: Шевченко — Шевченков, но здесь другой случай).

Вторая, менее вероятная версия отсылает к диалектному глаголу «пачернять» — пачкать, марать, делать чёрным. В некоторых южнорусских говорах так могли сказать о сапожнике, углежоге или печнике — человеке, чья работа неизбежно оставляла следы сажи или грязи. Однако прозвище Пачерня в таком значении нигде не зафиксировано, и производная фамилия получилась бы скорее Пачернин или Пачерняков.

Самая надёжная зацепка — география. Фамилия Пачерняев встречается почти исключительно в Курской и Воронежской областях, то есть на исторической границе с Украиной. В соседней Слобожанщине фамилия Пачерняк (Почерняк) известна с XVIII века. Если ваш предок носил её до переписи, то при составлении ревизских сказок её могли «обрусить» до Пачерняева — типичная практика для канцелярий Российской империи. Таким образом, носитель фамилии почти наверняка происходил из крестьян или казаков юго-западных губерний, а его дальний предок был либо смуглым, либо черноволосым человеком, либо же получил прозвище за тёмный цвет волос или кожи.