Фамилия Пачугонис — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор сразу выводит за пределы привычных славянских моделей. Если коротко: перед нами фамилия литовского происхождения, адаптированная русским языком. Основа — литовское слово pačiūgonis или pačiuogonis, которое в диалектах означало «подпасок», «помощник пастуха», буквально «тот, кто при пастухе» (от čiuogas — «пастух»). Встречается и вариант Pačiuogonis.

Словообразовательная модель здесь характерна для литовских фамилий с суффиксом -онис (-onis). В русской записи окончание -ис появилось из-за передачи литовского мягкого -is через твёрдое -ис (ср. фамилии Ландсбергис, Будрис). Русский язык, заимствуя фамилию, не менял корень, но переоформил окончание по привычной схеме. Суффикс -онис в литовском указывал на принадлежность или занятие: Pačiuogonis — «пастушонок», «сын пастуха» или «работник при пастухе».

Географически фамилия тяготеет к западу России и бывшим землям Великого княжества Литовского. Носители Пачугонис могли жить в Смоленской, Псковской губерниях, в Беларуси или на северо-западе современной России — там, где литовское население смешивалось с русским. Важно: в литовском языке ударение падает на второй слог — Пачу́гонис, но в русском быту возможны варианты.

Прозвище-основа — не дворянское и не купеческое, а крестьянское, трудовое. Предок Пачугонис, скорее всего, пас скот, помогал пастуху или сам был пастухом. Фамилия не получила широкого распространения, и в дореволюционных метрических книгах она встречается редко, что делает её ценной для локальной генеалогии.

В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, Пачугонис не указывает на отчество, а прямо называет занятие. Это сближает её с польскими фамилиями типа Пастух или Пастушак, но с характерной литовской огласовкой. Если ваш предок носил эту фамилию, ищите корни в зоне литовско-русского пограничья XIX века.