Фамилия Падубкова — женская форма фамилии Падубков, а та в свою очередь образована от прозвища или мирского имени Падубок. В русских говорах «падубок» — это растение, разновидность дуба, чаще всего дуб зимний или скальный, который не сбрасывает листву на зиму. В некоторых регионах так называли и вечнозелёный кустарник — остролист. Прозвище Падубок мог получить человек, живший рядом с таким деревом, либо обладавший соответствующими качествами: крепкий, несгибаемый, «вечнозелёный» — то есть не теряющий бодрости духа в любых обстоятельствах.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России: основа на твёрдый согласный плюс суффикс -ов. Падубков — буквально «сын Падубка» или «из рода Падубка». Встречается также вариант Падубковский, но он редок и обычно связан с топонимом (населённый пункт Падубки, Падубково). Интересно, что в отличие от фамилий от названий обычных деревьев (Дубов, Берёзов, Осипов), Падубков встречается значительно реже — растение «падубок» менее известно за пределами ботанической и диалектной лексики.

С точки зрения сословного состава фамилия не имеет ярко выраженной аристократической окраски. Скорее всего, предки носителей фамилии — крестьяне или однодворцы из южнорусских или западнорусских губерний, где дубовые леса были распространены, а местные говоры сохранили слово «падубок». В писцовых книгах XVII века можно встретить упоминания крестьян с прозвищем Падубок, но массовое закрепление фамилии произошло уже после отмены крепостного права, в XIX веке, при массовой паспортизации.

В современной России фамилия Падубкова нечастотна, но стабильно встречается в Рязанской, Тульской, Калужской и Брянской областях — как раз на границе лесостепной и лесной зон, где дубравы традиционны. Есть и версия, что в некоторых случаях основа могла быть не ботанической, а топонимической — от названия урочища или села Падубки, но это лишь частный случай. Основной корень — всё-таки растение, и фамилия, по сути, означает «принадлежащий к дубовому роду».